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Révolution de la sélection génomique

Schémas de sélection génomique : une avancée

Sélection génomique : un saut technologique au service des races et des éleveurs

L'avènement de la sélection génomique

Avec l'avènement de la génomique s'est ouvert un immense champ de recherche pour comprendre le déterminisme génétique des caractères exprimés par les animaux (phénotype). L'intégration de ces avancées dans les schémas de sélection génomique représente une véritable révolution. La sélection génomique valorise les informations issues de l'analyse de l'ADN obtenues grâce aux nouvelles technologies de génotypage (cartographie de l'ADN).

Les premiers programmes de sélection sont bien sûr antérieurs à l'ère de l'accès au génome. Ils ont fonctionné pendant des décennies sur la mise en relation des phénotypes (performances) avec les liens de parenté des animaux (généalogies) notamment grâce aux avancées des modèles statistiques. Seuls, les gènes majeurs tels le « sans corne », le « culard », celui de la caséine ou encore certaines tares pouvaient être repérés.

La sélection génomique, elle, ouvre de nouvelles perspectives avec notamment une indexation plus précise des aptitudes fonctionnelles (fertilité, résistance aux mammites, facilité des naissances...). Avec la génomique, c'est une capacité d'appréciation globale de la valeur génétique d'un animal qui apparaît désormais possible en complément des données accumulées dans les évaluations classiques. Un animal peut désormais être évalué sans nécessairement attendre qu’il produise une descendance. Sa diffusion dans les schémas peut donc intervenir beaucoup plus tôt.

Modification du secteur de la sélection et de la génétique

En quelques années, la génomique a modifié considérablement le secteur de la sélection et de la génétique et a permis :

  • d'élargir la gamme des pères à taureaux ;
  • d'évaluer de nouveaux critères avec plus de précision (le gain est estimé à 20%) tout en baissant les coûts des schémas de sélection (et donc de production des doses) ;
  • de diminuer l'intervalle de génération ;
  • de sélectionner les taureaux dans un groupe beaucoup plus important de candidats ;
  • d'explorer des caractères difficiles ou impossibles à sélectionner par la voie classique car peu héritables ;
  • d'améliorer les troupeaux soit par la voie mâle, soit par la voie femelle ;
  • de connaître la valeur génétique d’un animal dès sa naissance et éviter ainsi le testage sur descendance, un processus long et coûteux ;
  • d'apporter des informations nouvelles, une plus grande diversité des reproducteurs, notamment par la voie femelle pour les races à petits effectifs ;
  • d'ouvrir de nombreuses perspectives d'amélioration en comprenant mieux certains déterminismes génétiques comme la résistance à certaines maladies ;
  • de mutualiser les populations de référence entre races pour prédire la valeur génétique d’un individu d’une race donnée à partir des populations de référence de toutes les autres races pour lesquelles le caractère est disponible. 

Des ressources infinies

Les autres races laitières ainsi que les races à viande, les espèces ovine et caprine bénéficient des acquis de la révolution génomique. Les évaluations génomiques seront étendues à de nouveaux critères ne pouvant être pris en compte dans les programmes de sélection classiques : composants fins du lait ayant des effets bénéfiques ou négatifs sur la santé humaine (acides gras…), résistance aux maladies, qualité de la viande (tendreté, persillé, flaveurs…)

Des programmes visent ainsi à élaborer des prédictions sur des caractères spécifiques. C’est le cas de Phénofinlait pour l’analyse la composition fine du lait de 20 000 vaches, chèvres et brebis génotypées, ou encore de Qualvigène pour l’analyse de la qualité de viande de plus de 3 000 jeunes bovins génotypés.

La France a été l’un des premiers pays dont les méthodes d’évaluation génomique ont été validées au plan international par Interbull. Cette place à la pointe de la sélection génomique est le fruit d’une collaboration  de longue date entre Allice, les entreprises de sélection qu’elle fédère, l’Institut de l’élevage et l’Institut national de la recherche agronomique (Inra) pour la recherche fondamentale. 

En juin 2009, l’accès à cette nouvelle génération d’informations génétiques a été ouvert à tous les éleveurs, avec la possibilité de faire génotyper leurs femelles dans les races Holstein, Montbéliarde et Normande. Tous les caractères évalués sur descendance bénéficient maintenant d’une évaluation génomique : production laitière (quantité et qualité du lait), morphologie des animaux et fonctionnalités (aptitudes permettant de réduire les coûts de production : fertilité femelle, résistance aux mammites…). 

En race Holstein, l’éventail de taureaux présente une importante diversité génétique après une longue période dominée par les fils d’un très petit nombre de pères. Cette gamme, constituée de reproducteurs avec Index global de synthèse (ISU) élevé, comporte aussi des taureaux avec d’autres critères recherchés (couleur rouge, sans cornes…).

Les races Montbéliarde et Normande bénéficient elles aussi d’une gamme enrichie de nouveaux pedigrees récents et des profils mettant en valeur les caractéristiques de mixité de ces deux races. 

Sélection génétique

Quel en est l'intérêt ?

  • sélection génétique des animaux d'élevage

  • sélection génétique des animaux d'élevage

Sélection génétique

Quels en sont les critères ?

  • Longévité des vaches laitières
  • Résistance aux mammites
  • Fertilité et les conditions de vêlage
  • Morphologie et rusticité
  • Baisse des anomalies génétiques

génotypage

  • génotypage

  • 5.1 millions d'IAT sont faites avec des taureaux de races laitières

  • Le génotypage et la sélection génomique ne sont qu’une simple lecture de l’ADN et une interprétation du potentiel génétique de l’animal. Il n’y a aucune manipulation ou modification des gènes de l’animal.